الشداد لمناظرته فصار يلقي عليه بالمسائل والصادق يجيب: أنتم تقولون كذا وأهل المدينة يقولون كذا ونحن نقول كذا.. حتى أتم أربعين مسألة.
وفي ذلك يقول أبو حنيفة: إن أعلم الناس أعلمهم باختلاف الناس، ويقول كذلك: ما رأيت أفقه من جعفر بن محمد.
اتجه الصادق بكليته إلى العلم ولم يدخر جهدا في طلبه، طلب علم القرآن، وعلم الناسخ والمنسوخ وطلب الحديث من مظانه. وتعرف وجوه الرأي والاستنباط في كل أبواب الفقه فبلغ بذلك شأوا حتى صار إمام عصره.
وشغل عقله بعلم الكون وما اشتمل عليه. وقيل إن له في ذلك 500 رسالة.
تطبع بأدب آل البيت. آمن بثلاثة أمور هي أفضل الأعمال: الصلاة لوقتها، والبر بالوالدين، والجهاد في سبيل الله.
وكان يقوم من مجلسه لأبيه. ويفعل مع كبار أهل بيته ما يجب أن يفعله مع أبيه.
وقيل إنه كان يمسك الركاب لعمه زيد بن علي ويسوي له ثيابه على السرج ويجله ويحترمه. وحين بلغه خبر مقتله قال: رحم الله عمي زيدا لو تم له الأمر لوفى. وبمثل هذا الكلام استطاع جعفر أن يقضي على كل من تنكر لزيد.
عاش جعفر في حياة أبيه نحوا من 34 عاما فنشأ صبورا راضيا. جم التواضع ولم يأنف قط من أن يجلس على الحصير.
وعندما شعر الباقر بدنو أجله دعا بابنه جعفر وأوصاه:
آ - بأشياء تتعلق بتشييعه وشق قبره.
ب - وبأمور تتعلق بأصحابه وقال له: يا جعفر أوصيك بأصحابي خيرا.
علم الصادق:
قد أجمع علماء المسلمين على اختلاف طوائفهم على فضل الصادق وعلمه.
وعنه تلقى أئمة السنة الذين عاصروه. فأخذ عنه مالك وأخذت عنه طبقة مالك مثل