كنيته وألقابه عليه السلام كانت كنيته أبو جعفر لا غير، وألقابه الشريفة: الباقر، والشاكر، والهادي وأشهر ألقابه عليه السلام: الباقر، لقبه رسول الله صلى الله عليه وآله بذلك كما يظهر من حديث جابر بن عبد الله الأنصاري رضوان الله تعالى عليه.
قال الشريف علي الحسيني القاهري المشتهر بفكري في " أحسن القصص " (ج 4 ص 272 ط بيروت):
كنيته: أبو جعفر لا غير.
ألقابه - وألقابه الثلاثة: الباقر، والشاكر، والهادي، وأشهرها الباقر.
وقال العلامة ابن عساكر في " تاريخ مدينة دمشق " (ج 15 ص 697 ط دار البشير بدمشق):
ويكنى أبا جعفر.
وجه تلقبه عليه السلام بالباقر قد تقدم ما يدل على ذلك في ج 12 ص 160 إلى ص 165 عن كتب أعلام العامة،