من كراماته عليه السلام روى جملة مها جماعة من أعلام العامة في مؤلفاتهم:
فمنهم العلامة شهاب الدين أحمد بن محمد الحنفي في " تفسير آية المودة " (ق 47 نسخة إسلامبول) قال:
وعن بعضهم: كنت بين مكة والمدينة فإذا أنا بشيخ يلوح في البرية فيظهر تارة ويغيب أخرى حتى قرب مني فسلم علي فرددت عليه السلام وقلت له: أين يا غلام؟
قال: من الله؟. قلت: وإلى أين؟ رجل عربي. فقلت: ابن لي. فقال: أنا رجل من قريش. فقلت: ابن لي عافاك الله. فقال: أنا رجل هاشمي. فقلت: ابن لي. فقال: أنا رجل علوي، ثم أنشد يقول:
نحن على الحوض رواده * نذود ويسعد وراده فما فاز من فاز إلا بنا * وما خاب من حبنا زاده فمن سرنا نال منا السرور * ومن ساءنا ساء ميلاده ومن كان غاصبنا حقنا * فيوم القيامة ميعاده ثم قال: أنا أبو جفر محمد بن علي بن الحسين بن علي بن أبي طالب ثم التفت فلم أره ولم أدر نزل في الأرض أو صعد إلى السماء.