علاقته بالسياسة في عصره:
ولقد كان أبو عبد الله كأبيه محمد الباقر ممن لم تشغل السياسة العملية حيزا كبيرا من تفكيرهم فيما يظهر، بل انصرف إلى العلم كأبيه، ولم يشغل ولا أبوه أنفسهما بالسياسة العملية، كما فعل عمه زيد، وكما فعل أولاد عمه إبراهيم ومحمد النفس الزكية أولاد عبد الله بن حسن.
وكان في آرائه السياسية كأبيه معتدلا غير مغال، وقد كان أبوه ينهى عن سب الشيخين أبي بكر وعمر، وعن سب ذي النورين عثمان رضي الله عنهم، ويروى أنه ذكر بحضرته بعض أهل العراق هؤلاء الأئمة الثلاثة بسوء، فغضب وقال لهم مؤنبا:
أنتم من المهاجرين الأولين الذين أخرجوا من ديارهم وأموالهم! قالوا: لا. قال: فأنتم من الذين تبوءوا الدار والإيمان! قالوا: لا. قال: ولستم من الذين جاؤوا من بعدهم يقولون: ربنا اغفر لنا ولإخواننا الذين سبقونا بالإيمان، قوموا عني، لا قرب الله داركم، تقرون بالاسلام، ولستم من أهله.
التزامه محراب العلم:
ولقد كانت الأحوال في العصر الذي عاش فيه الإمام جعفر تجره إلى السياسة جرا شديدا، ولكنه استعصم ولم يسر في تيارها العملي، كما فعل عمه، وأبناء عمومته من أولاد الإمام عبد الله بن الحسن رضي الله عنهم أجمعين.
ومنها قول الشيخ أحمد محيي الدين العجوز في كتابه " مناهج الشريعة الاسلامية " (ج 3 ص 114 ط مكتبة المعارف، بيروت) قال:
مذهب الإمامية وهم الذين يعتقدون بإمامة اثني عشر من آل البيت النبوي،