علمه (ع) بالجفر والأعداد قال العلامة القندوزي في (ينابيع المودة) (ص 204 ط اسلامبول):
قال الإمام جعفر الصادق رضي الله عنه: منا الجفر الأبيض ومنا الجفر الأحمر ومنا الجفر الجامع. وكانت الأئمة الراسخون من أولاده يعرفون أسرار هذا الشأن العظيم ولما كتب بعض الخلفاء المأمون بن هارون الرشيد إلى علي بن موسى الرضا على أن يبايعه فقال: إنك عرفت من حقوقنا ما لم يعرفه آباءك وإنك تريد المبايعة إلا أن الجفر الجامع لا يدل على مبايعتك.
وقد ازدحم على باب علي كرم الله وجهه الراسخون من العلماء والحاذقون من الحكماء فاخترت من أسراره ما سره أشمل والعمل به أكمل بعد أن قرأت سفر آدم وسفر شيث وسفر إدريس وسفر نوح وسفر إبراهيم عليهم الصلاة والسلام.
وفي (ص 415، الطبع المذكور).
وقال الإمام جعفر الصادق رضي الله عنه: علمنا غابر ومزبور وكتاب مسطور في رق منشور ونكت في القلوب ومفاتيح أسرار الغيوب ونقر في الاسماع ولا ينفر عنه الطباع وعندنا الجفر الأبيض والجفر الأحمر والجفر الأكبر والجفر الأصغر ومنا الفرس الغواص الفارس القناص فافهم هذا اللسان الغريب والبيان العجيب قيل: إن الجفر يظهر آخر الزمان مع الإمام محمد المهدي رضي الله عنه ولا يعرف عن الحقيقة إلا هو، وكان الإمام علي رضي الله عنه من أعلم الناس بعلم الحروف وأسرارها.