لقب بالباقر لأنه (ع) بقر العلم رواه القوم:
منهم العلامة الشيخ محيي الدين أبو زكريا يحيى بن شرف النووي الشافعي المتوفى سنة (676) في (شرح صحيح مسلم) (ج 1 ص 102 طبع القاهرة) قال:
محمد بن علي بن الحسين بن علي بن أبي طالب رضي الله عنهم المعروف بالباقر لأنه بقر العلم أي شقه وفتحه فعرف أصله وتمكن فيه.
وفي (ص 15 ط نول كشور في بلدة لكهنو).
قال: في شرح قول مسلم عندي سبعون ألف حديث عن أبي جعفر، أبو جعفر هذا هو محمد بن علي بن الحسين بن علي بن أبي طالب رضي الله عنهم المعروف بالباقر لأنه بقر العلم أي شقه وفتحه.
ومنهم العلامة الراغب الأصبهاني في (مفردات القرآن) (ص 56 ط الميمنية بمصر) قال:
سمي محمد بن علي رضي الله عنه باقرا لتوسعه في دقائق العلوم.
ومنهم علامة اللغة والأدب ابن منظور المصري في (لسان العرب) (ج 4 ص 74 ط دار الصادر بيروت) قال:
وكان يقال لمحمد بن علي بن الحسين بن علي، الباقر رضوان الله عليهم، لأنه بقر العلم وعرف أصله واستنبط فرعه وتبقر في العلم.
ومنهم العلامة محمد خواجة پارساي البخاري في (فصل الخطاب) (على ما في ينابيع المودة ص 380 ط اسلامبول) قال: