توفي علي زين العابدين رضي الله عنه في ثاني عشر المحرم سنة أربع وتسعين من الهجرة وكان عمره إذ ذاك سبعا وخمسين سنة.
نقش خاتمه عليه السلام قال علامة التاريخ والحديث أبو القاسم حمزة بن يوسف بن إبراهيم السهمي المتوفى سنة 427 في كتاب (تاريخ جرجان) طبع حيدر آباد الدكن).
حدثنا أحمد بن أبي عمران الجرجاني حدثنا عمران بن موسى حدثنا إبراهيم بن المنذر حدثني محمد بن جعفر حدثني أبي جعفر بن محمد قال: كان نقش خاتم أبي محمد بن علي: القوة لله جميعا.
وقال العلامة الشيخ كمال الدين محمد بن طلحة الشافعي الشامي المتوفى سنة 652 في مطالب السؤل في مناقب آل الرسول ص) (ص 81 ط طهران):
ونقل الثعلبي في تفسيره أن الباقر كان نقش خاتمه هذه:
ظني بالله حسن وبالنبي المؤتمن وبالوصي ذي المنن وبالحسين والحسن.
رواها بسنده في تفسيره متصلا إلى ابنه الصادق.