معاوية بن خديج في طلب محمد فانتهى إلى جماعة في قارعة الطريق فسألهم عنه فقال أحدهم دخلت تلك الخربة فرأيت رجلا جالسا، فقال ابن خديج هو هو فدخلوا عليه فاستخرجوه وقد كاد يموت عطشا وأقبلوا به نحو الفسطاط فوثب اخوه عبد الرحمان ابن أبي بكر إلى عمرو وكان في جنده وقال: أتقتل أخي صبرا ابعث إلى ابن خديج فانهه عنه، فبعث إليه يأمره ان يأتيه بمحمد فقال قتلتم كنانة وأخلي محمدا أكفاؤكم خير من أولئكم أم لكم براءة في الزبر هيهات هيهات، فقال لهم محمد بن أبي بكر:
أسقوني ماء فقال له ابن خديج: لا سقاني الله إن سقيتك قطرة ابدا انكم منعتم عثمان شرب الماء لا والله لأقتلك حتى يسقيك الله من الحميم والغساق، فقال له محمد يا بن اليهودية النساجة ليس ذلك إليك انما ذلك إلى الله يسقي أولياءه ويظمي أعداءه وهم أنت وأمثالك اما والله لو كان سيفي بيدي ما بلغتم مني هذا، فقال ابن خديج:
أتدري ما اصنع بك؟ أدخلك جوف حمار ثم أحرقه عليك بالنار، فقال له محمد: إن فعلت بي ذلك فطالما فعلتم ذلك بأولياء الله واني لأرجو ان يجعلها عليك وعلى أوليائك ومعاوية وعمرو ومن سبقهم في ظلم آل محمد نارا تلظى كلما خبت زادها الله سعيرا فغضب منه وضرب عنقه ثم ألقاه في جيفة حمار ثم أحرقه بالنار، وقيل أحرقه وبه رمق، ولما بلغ عائشة ما فعل بمحمد قيل جزعت عليه جزعا شديدا وقيل قالت: هذا جزاء من عقه أهله، وجعلت في دبر كل صلاة تدعو على معاوية وعمرو بن العاص وتلعنهما ويروى: أن محمد بن جعفر بن أبي طالب كان مع محمد بن أبي بكر، ولما قتل استجار محمد بن جعفر بأخواله من خثعم، وكان خثعم يومئذ رجل بظهره بزخ من كسر اصابه، فكان إذا مشى ظن الجاهل انه يتبختر في مشيه، فذكر لابن خديج انه عنده، فقال له: أسلم إلينا هذا الرجل، فقال ابن أختنا لجأ إلينا لنحقن دمه فدعه عنك، قال: لا والله لا ادعه حتى تأتيني به، قال: لا والله لا آتيك به، قال:
كذبت والله لتأتيني به انك ما علمت لاوره، قال: أجل اني لاوره حين أقاتلك على ابن عمك تحقن دمه وأقدم ابن عمي دونه تسفك دمه، فسكت ابن خديج. وأخذوا رأس