وتوفي (رحمه الله) نحو سنة 252 ه‍، وقد ظهرت له كرامات كثيرة من مرقده الشريف، وألف المرحوم البحاثة الجليل العلامة الميرزا محمد الطهراني رسالة في كرامات السيد محمد، وألف أيضا العلامة المرحوم الشيخ محمد علي الأردوبادي كتابا سماه (سبع الدجيل) ذكر فيه كرامات عديدة للسيد محمد بن الإمام الهادي (عليه السلام).
وأعقب السيد محمد أولادا، سكن بعضهم في بخارى، وبعضهم في تركيا، وبعض سلالته منتشرون في العراق، ومنهم السادة آل بعاج المعروفون (1).
الحسين بن الإمام الهادي (عليه السلام):
نقل السيد محمد كاظم القزويني عن كتاب شجرة الأولياء: أن الحسين كان زاهدا عابدا معترفا بإمامة أخيه أبي محمد الحسن العسكري (عليه السلام)، وكان صوت الإمام المهدي (عليه السلام) يشبه صوت عمه الحسين.
وكان الناس يعبرون عنه وعن أخيه الإمام الحسن العسكري بالسبطين، تشبيها لهما بالإمامين الحسن والحسين (عليهما السلام).
وكان له من الأولاد أربعة، وقد رحلوا بعد وفاة أبيهم عن سامراء إلى مدينة لار من بلاد فارس في إيران، فقتلوا بعد وصولهم إليها (2).
عمره (عليه السلام):
اثنتان وأربعون سنة، ثمان سنين منها مع أبيه (عليه السلام)، وأربع وثلاثون سنة منها بعده (عليه السلام)، وهي مدة إمامته، وقيل: بل عمره أربعون سنة، وقيل: إحدى وأربعون