من علويين، وفاطمي من فاطميين، وأول من اجتمعت له ولادة من الحسن والحسين (عليهما السلام).
ولد الامام الباقر (عليه السلام) يوم الجمعة غرة رجب سنة 75 ه‍، وفي رواية الثالث من شهر صفر سنة 75 هجرية.
كان (عليه السلام) يشبه جده رسول الله (صلى الله عليه وآله)، لذا لقب بالشبيه، وكان ربع القامة، رقيق البشرة، جعد الشعر، أسمر، له خال على خده (1)، ضامر الكشح، حسن الصوت، مطرق الرأس.
عاش مع جده الامام الحسين (عليه السلام) أربع سنين، وشهد واقعة الطف في كربلاء.
كنيته: أبو جعفر، ولا كنية له غيرها.
ألقابه: الشريف والتي دلت على عظمة شخصيته، الباقر، الشاكر، أو الشاكر لله، الهادي، الأمين، الشبيه، لأنه كان يشبه جده المصطفى (صلى الله عليه وآله)، وأشهرها الباقر لقبه به جده رسول الله (صلى الله عليه وآله)، لبقره العلم، وتفجره، وتوسعه.
وقد قال فيه الغرضي، ونعم ما قال:
يا باقر العلم لأهل التقى * وخير من لبى على الأجبل أشهر زوجاته: أم فروة بنت القاسم بن محمد بن أبي بكر، وأم حكيم بنت أسد بن المغيرة الثقفية.
أولاده: خمسة (2): جعفر، عبيد الله، إبراهيم، عبد الله المحض، وعلي، اما البنات، فهن: زينب، وأم سلمة، من أمهات شتى وهم:
أ - الإمام جعفر الصادق (عليه السلام) وشقيقه عبيد الله، وأمهما أم فروة بنت القاسم ابن محمد بن أبي بكر.