نبوغ وذكاء وقاد لقد خص الله تعالى أهل بيت نبيه - صلوات الله عليهم أجمعين - بالعلم والفضل، ووهبهم درجات من الكمال لا يهبها إلا لأنبيائه ورسله. وكان الامام الباقر (عليه السلام) في طفولته آية من آيات النبوغ والذكاء، وقد عرف الصحابة والتابعون ما يتمتع به الإمام (عليه السلام) منذ نعومة أظفاره من سعة الاطلاع والفضل وغزارة العلم، فكانوا يرجعون إليه في المسائل المستعصية التي لا يهتدون إليها، ولقد سئل عن أدق المسائل فأجاب عنها ولم يك يتجاوز عمره الشريف تسع سنوات.
وروى الصفار في البصائر عن أحمد بن موسى، عن محمد بن الحسين، عن النضر بن شعيب، عن عمرو بن خليفة، عن شيبة بن القبض، عن محمد بن مسلم قال: سمعت أبا جعفر (عليه السلام) يقول: يا أيها الناس علمنا منطق الطير وأوتينا من كل شئ، إن هذا لهو الفضل المبين.
ورواه أبو نعيم في حلية الأولياء عن محمد بن مسلم أيضا.
ويذكر الشيخ باقر القرشي في كتابه حياة الإمام محمد الباقر (عليه السلام): أن جابر بن عبد الله الأنصاري على شيخوخته وكبر سنه - حيث قارب عمره المئة أو جاوزها - كان يأتيه فيجلس بين يديه فيعلمه. وقد أخذ جابر من سعة علوم الإمام ومعارفه وطفق يقول: يا باقر العلم لقد أوتيت الحكم صبيا.
وما إشارته على عبد الملك بن مروان (ت / 68 ه‍) الحاكم الأموي حينما حوصر اقتصاديا من قبل النصارى المتمثلة قوتهم آنذاك بالإمبراطورية الرومانية البيزنطية، بأن يضرب النقد الإسلامي من الذهب والفضة، إلا واحدة من حدة