4 - علم الأصول من العلوم التي فتق أبوابها الإمام الباقر (عليه السلام)، علم الأصول وهو من أجل العلوم الإسلامية بعد علم الفقه؛ لأن الاجتهاد يتوقف عليه. فإنه لا يكون المجتهد قد حصل على ملكة الاجتهاد واستنباط الحكم حتى يضطلع ويجتهد في بحوث هذا العلم.
وقد اتفق العلماء والباحثون على أن الإمام أبا جعفر (عليه السلام) هو أسبق من أسس هذا العلم، وأرسى قواعده، فقد جاء في كتاب الشيعة وفنون الإسلام: أن أول من فتح بابه، وفتق مسائله - يقصد علم الأصول - هو باقر العلوم الإمام أبو جعفر محمد بن علي الباقر (عليهما السلام) وبعده ابنه أبو عبد الله الصادق (عليه السلام)، وقد أمليا فيه على جماعة من تلامذتهما قواعده ومسائله.
جمعت هذه المسائل والقواعد ورتبت من قبل المتأخرين على ترتيب مباحثه بشكل كتب متصلة الاسناد إلى أهل البيت (عليهم السلام).
ومن القواعد التأسيسية لعلم الأصول التي وضعها الإمام (عليه السلام) أو نقلها عن أجداده الطاهرين على سبيل المثال:
1 - قاعدة الفراغ: وهي الحكم بصحة الفعل فيما لو شك في صحته بعد الفراغ منه، وقد استفيدت هذه القاعدة من موثقة محمد بن مسلم عن الإمام أبي جعفر (عليه السلام) قال: كل ما شككت فيه مما قد مضى فامضه كما هو.
2 - قاعدة التجاوز: وهي الحكم بوجود الشيء المشكوك بعد الدخول في غيره مما هو مترتب عليه، فقد تظافرت الأخبار عن الإمام الباقر (عليه السلام) في عدم العناية بالشك في مثل هذه الحالة والاستمرار بالعمل والبناء على الصحة.
3 - قاعدة لا ضرر ولا ضرار: وهي من القواعد المهمة في التشريع