من دعائه (عليه السلام) في هذه الصحائف بعض ما ورد من أدعيته (عليه السلام):
من دعاء له (عليه السلام) كان يدعو به عند خروجه من الدار:
" أعوذ بما عاذت به ملائكة الله من شر هذا اليوم الجديد، الذي ان غابت شمسه لم تعد، من شر نفسي، ومن شر غيري، ومن شر الشيطان، ومن شر من نصب لأولياء الله، ومن شر الجن والانس، ومن شر السباع والهوام، ومن شر ركوب المحارم كلها، أجير نفسي بالله من كل سوء ".
ومن دعاء له (عليه السلام) علمه محمد بن مسلم وقال له: حافظ عليه كما تحافظ على عينيك:
" سبحان الله، ولا اله إلا الله، والحمد لله الذي لم يتخذ ولدا، ولم يكن له شريك في الملك، ولم يكن له ولي من الذل، وكبره تكبيرا ".
ومن دعاء له (عليه السلام) بعد صلاة العشاء:
" اللهم بحق محمد وآل محمد، صل الله محمد وآل محمد، ولا تؤمنا مكرك، ولا تنسنا ذكرك، ولا تكشف عنا سترك، ولا تحرمنا فضلك، ولا تحل علينا غضبك، ولا تباعدنا من جوارك، ولا تنقصنا من رحمتك، ولا تنزع عنا بركاتك، ولا تمنعنا عافيتك، وأصلح لنا ما أعطيتنا وزدنا من فضلك المبارك الطيب الحسن الجميل، ولا تغير ما بنا من نعمتك، ولا تؤيسنا من روحك، ولا تهنا بكرامتك، ولا تضلنا بعد إذ هديتنا وهب لنا من لدنك رحمة انك أنت الوهاب، اللهم اجعل قلوبنا سالمة وأرواحنا طيبة، وألسنتنا صادقة، وإيماننا دائما ويقيننا صادقا، وتجارتنا لا تبور، ربنا آتنا في الدنيا حسنة وفي الآخرة حسنة وقنا برحمتك عذاب النار ".