بخط شيخ الطائفة نفسه الموجودة في (مكتبة العلامة الشيخ هادي آل كاشف الغطاء) في النجف الأشرف، كما ذكرتها تفصيلا عند ذكر الكتاب في (الذريعة) ج 2 ص 14 - 16، وعلى (الاستبصار) شروح وتعليقات ذكرنا منها ثمانية عشر وقد أشار إليها العلامة السيد محمد صادق آل بحر العلوم في مقدمة (الفهرست) الذي طبع باشرافه، ونقلها عنا برمتها العلامة الشيخ محمد علي الأوردبادي في مقدمته للاستبصار طبع النجف.
وكتب لنا بعد ذلك السيد شهاب الدين التبريزي انه حصل على نسخة من حواشي الاستبصار للعلامة المحقق الملقب بمجذوب كتبها (بخطه السيد محمد هاشم الحسيني ابن مير خواجة بيك الكججي وذكر الكاتب ان المحشى كان أستاذه وكان حيا في سنة 1038 ه ويعبر المحشى عن المولى عبد الله التستري المتوفى سنة 1021 ه بشيخنا ومولانا الأستاذ، فرغ الكاتب من النسخة في سنة 1083 ه.
4 - أصول العقائد: قال في فهرسه عند ترجمته لنفسه وتعديد تصانيفه ما لفظه: (وكتاب في الأصول كبير خرج منه الكلام في التوحيد وبعض الكلام في العدل).
5 - الاقتصاد الهادي إلى طريق الرشاد: وهو فيما يجب على العباد من أصول العقائد والعبادات الشرعية على وجه الاختصار، راجع تفصيله ومحل وجود نسخه المخطوطة في (الذريعة) ج 2 ص 269 - 270.
6 - الأمالي: في الحديث، ويقال له (المجالس) لأنه املاه مرتبا في عدة مجالس، وقد طبع في طهران عام (1313 ه منضما إلى كتاب آخر اسمه (الأمالي) أيضا شاعت نسبته إلى الشيخ أبي علي الحسن بن الشيخ الطوسي، وليس كما اشتهر بل هو جزء من آمالي والده شيخ الطائفة أيضا، إلا انه ليس مثل جزئا الآخر مرتبا على المجالس، ولهذه الشايعة أسباب ذكرناها بغاية الدقة والتفصيل في (الذريعة) ج 2 ص 309 - 311 وص 313 - 314 فليرجع إليها.
7 - أنس الوحيد: كذا ذكره في ترجمته عند عد تصانيفه في كتابه