بنى كتاب الخصال وإن قال في أوله: " فانى وجدت مشايخي وأسلافي رحمة الله عليهم قد صنفوا في فنون العلم كتبا وغفلوا عن تصنيف كتاب يشتمل على الاعداد والخصال الممدوحة والمذمومة، (إلى آخره) " وقال النجاشي في ترجمة محمد بن عبد الله بن جعفر الحميري: ولمحمد كتب، منها كتاب الحقوق، كتاب الأوائل، كتاب السماء، كتاب الأرض، كتاب المساحة والبلدان، كتاب إبليس وجنوده، كتاب الاحتجاج، أخبرنا أبو عبد الله بن شاذان القزويني قال: حدثنا علي بن حاتم: قال: قال محمد بن عبد الله بن جعفر: كان - السبب في تصنيفي هذه الكتب أني تفقدت فهرست كتب المساحة التي صنفها أحمد بن أبي عبد الله البرقي ونسختها ورويتها عمن رواها عنه وسقطت هذه الستة الكتب عني فلم أجد لها نسخة فسألت إخواننا بقم وبغداد والري فلم أجدها عند أحد منهم فرجعت إلى الأصول والمصنفات فأخرجتها وألزمت منها كل حديث كتابه وبابه الذي شاكله " (انتهى) وهذه الكتب كلها داخلة في جملة كتب المحاسن كما أن كتاب رجاله الموجود أيضا منها وعندنا منه نسخة ولم يصل إلينا من المحاسن إلا ثلاثة عشر كتابا منه، والباقي ذهب فيما ذهب ولو وجد لوجد فيه علم كثير.
قال (ره) في أول المحاسن كما في السرائر: أما بعد فإن (فنقل ما مر نقله عن ابن - إدريس ره إلى آخره وقال:) وكفى في جلالة قدره أن عقد له ثقة الاسلام في الكافي عدة منفردة وأكثر من الرواية عنه، وعد في أول الفقيه كتاب المحاسن، وروى عنه أجلاء - المشايخ في هذه الطبقة مثل محمد بن الحسن الصفار، ومحمد بن يحيى العطار، وسعد بن عبد الله، ومحمد بن علي بن محبوب، والحسن بن متيل الدقاق، وعلي بن إبراهيم بن هاشم، وأبوه إبراهيم، وأحمد بن إدريس الأشعري، ومحمد بن الحسن بن الوليد، ومحمد بن جعفر بن بطة، ومحمد بن أحمد بن يحيى، وعلي بن الحسين السعد آبادي، ومحمد بن عيسى، ومحمد بن أبي القاسم عبد الله أو عبيد الله بن عمران الجنائي البرقي صهره علي ابنته وغيرهم، نعم في الكافي في كتاب الحجة، في باب ما جاء في الاثني عشر والنص عليهم خبر صار سبب الحيرة، صورته: عدة من أصحابنا، عن أحمد بن محمد البرقي، عن أبي هاشم داود بن القاسم الجعفري، عن أبي جعفر الثاني عليه السلام وذكر أن الخضر (ع) حضر عند أمير المؤمنين عليه السلام وشهد بإمامة الأئمة الاثني عشر عليهم السلام واحدا