ثم أبدل المستنصر الصندوق بعد الحريق، وجعله من الساج، وعمر الروضة والسياج على يد السيد جمال الدين أحمد بن طاووس (رحمه الله) سنة 640 ه‍.
ثم زين أبو أويس حسن الجلائري الضريح، وشيد القبة، وعمل البهو، وشاد الدار، ونقل المقابر التي في الصحن إلى الصحراء، وذلك في سنة 750 ه‍.
ثم زين الشاه حسين الصفوي الروضة بالساج، ودعم البناء، وعمل الشباك من الفولاذ، ورخم الأرض والدور، سنة 1106 ه‍.
ثم عمر أحمد الدنبلي البرمكي الروضة والسرداب، وبدل بابه وأخشابه بالحجر الصوان والرخام، وكان وكيله الميرزا السلماسي، وتوفي الدنبلي ولما يكمل البناء، وبقي السلماسي ينفق عليه، وذلك سنة 1200 ه‍.
ثم واصل البناء ابنه حسين الدنبلي، وأكمل البهو والأبواب، وزين جامع السرداب، وكتب الآيات على الأركان، وزين القبة بالكاشي، وحفر قبرا له مع أبيه في الرواق، وذلك على يد الميرزا السلماسي أيضا، سنة 1225 ه‍.
ثم جدد ناصر الدين شاه القاجاري الشباك، وذهب القبة، وعمر الضريح والرواق والقبة والصحن والمآذن والدار، ورخم الروضة والرواق والبهو والصحن، وشرع الأبواب ورمم السور - الذي بناه الدنبلي من قبل - وذلك على يد شيخ العراقين الشيخ عبد الحسين الرازي سنة 1285 ه‍.
ووسعت في زمان الملك فيصل الأول الطرق بين الدور، وذلك سنة 1341 ه‍.
وهكذا في زمان الملك غازي الأول سنة 1352 ه‍، وفيصل الثاني سنة 1359 ه‍.
ونورت الروضة بالكهرباء سنة 1349 ه‍، وعملت إسالة الماء سنة 1343 ه‍ (1).