في منامه أن عليا بن أبي طالب يهتف به (فهل عسيتم إن توليتم أن تفسدوا في الأرض وتقطعوا أرحامكم) (22 - محمد: 47). فأرسل إليه وزيره الربيع فجاء به إليه فأمنه على نفسه واستوثق أن لا يخرج عليه أو على أحد من أبنائه، فقال الكاظم: لا والله ما فعلت ذلك ولا هو من شأني. فقال له المهدي صدقت وأمر بإعطائه ثلاثة آلاف دينار وتسفيره إلى أهله بالمدينة.
وتعود المحنة إلى موسى الكاظم في عهد هارون الرشيد إذ يعود هذا من الحج ويأتي قبر الرسول زائرا وحوله قريش وأعيان القبائل ومعه موسى بن جعفر فلما انتهى الرشيد إلى القبر قال: السلام عليك يا رسول الله يا بن عمي، افتخارا على من حوله، فقال موسى: السلام عليك يا أبتي، فتغير وجه هارون، وقال: هذا الفخر يا أبا الحسن حقا.
ولم يمض الرشيد في طريقه حتى حمل موسى معه إلى بغداد وحبسه إلى أن توفي في المحبس.
وكانت له مع الرشيد أخبار كثيرة، منها ما عرض إليها المسعودي ومنها ما تناقله الشيعة في مختلف مصادرهم كهذه الحادثة مع علي بن يقطين الذي كان الرشيد يقربه وينتدبه إلى مهماته في الحين الذي كان ابن يقطين يكتم التشيع والولاء لآل البيت، فحدث أن الرشيد أهدى إليه ثيابا أكرمه بها وكان في جملتها دراعة خز سوداء من لباس مثقلة بالذهب، فأرسل علي بن يقطين الثياب ومعها الدراعة إلى الإمام الكاظم ومعها مبلغ من المال، ولما وصلت إلى الإمام قبل المال والثياب ورد الدراعة إليه على يد رسول آخر غير الذي جاء بالمال والثياب، وكتب الإمام إلى علي بن يقطين:
احتفظ بالدراعة ولا تخرجها من بيتك فإن لها شأنها، فاحتفظ علي بالدراعة وهو لا يعرف السبب، وبعد أيام سعى بعض الوشاة إلى الرشيد وقال له: إن ابن يقطين يعتقد بإمامة موسى بن جعفر ويحمل إليه خمس ماله في كل سنة وقد حمل إليه الدراعة التي أكرمته بها، فاستشاط الرشيد غيظا، وأحضر عليا بن يقطين وقال له: ما