على يمين الداخل إلى رواق القبلة. كما توج لوحة تذكارية مثبتة على مدخل المسجد القديم بالواجهة الغربية كتب عليها: بسم الله الرحمن الرحيم هذا مشهد الإمام علي زين العابدين ابن الإمام الحسين ابن الإمام علي بن أبي طالب صلوات الله عليهم أجمعين في سنة 549 هجرية.
أما القبة التي تعلو الضريح، فترجع إلى العصر المملوكي، في القرن الثامن الهجري كما يذكر ذلك السخاوي، وعلى الضريح مقصورة تجددت في أواخر القرن الثالث الهجري. وهي تعتبر نموذجا لصناعة الحديد الزخرف. وكما جاء في " الخطط التوفيقية "، فقد أنشأ هذه المقصورة سعادة محمد قفطان باشا سنة 128 ه‍ وكسا عتب باب القبة ببلاطات من القيشاني الأزرق، وهو بلاط عثماني.
وقال الفاضل الزركلي في تعليقه على كتاب " الأعلام " (ج 5 ص 86) ما لفظه:
وفي أنس الزائرين - خ - وهو رسالة مجهولة المؤلف ما يأتي بنصه الغريب:
إن الفسقة لما قتلوا عليا الأكبر ولد الحسين طلبوا زين العابدين الذي هو علي الأصغر ليقتلوه، فوجدوه مريضا، فتركوه ثم أنهم قتلوه بعد ذلك وحملوا رأسه إلى مصر فدفن في مشهده قريبا من مجراة القلعة من نيل مصر وعنده جسم زيد أخيه، والقاتل له عبد الملك بن مروان، وبقية جسده عند قبر الحسن بالبقيع.
قلت: أوردت هذه الحكاية لتكذيبها، فإن عليا هذا لما توفي ووضع للصلاة عليه كشف الناس نعشه وشاهدوه كما في طبقات ابن سعد ج 5 ص 164، وفيه: كان أحب أهل بيته إلى مروان بن الحكم و عبد الملك بن مروان، إنتهى.
أقول: مرقده الشريف في البقيع عند عمه الأكبر الإمام الحسن بن علي وعند ابنيه الإمامين العظيمين الصادق والباقر عليهم صلوات الله أجمعين مشهور ومعروف كالشمس في رابعة النهار.