فأطلق المال، وجدد عليه البيعة وأحضر عبد الواحد بن الموفق وأخذ عليه البيعة فوكل به وأحضر ابن المعتز ومضى ابن المؤيد وعبد العزيز بن المعتمد ووكل بهم.
فلما توفي أحضر يوسف بن يعقوب وأبا حازم وأبا عمر بن يوسف بن يعقوب فتولى غسله محمد بن يوسف وصلى عليه الوزير ودفن ليلا في دار محمد بن طاهر وجلس الوزير في دار الخلافة للعزاء وجدد البيعة للمكتفي.
وكانت أم المعتضد واسمها ضرار قد توفيت قبل خلافته، وكانت خلافته سبع سنين وتسعة أشهر وثلاثة عشر يوما؛ وخلف من الولد الذكور عليا وهو المكتفي وجعفرا وهو المقتدر وهارون ومن البنات إحدى عشر بنتا وقيل سبع عشرة ولما حضرته الوفاة أنشد:
(تمتع من الدنيا فإنك لا تبقى * وخذ صفوها ما إن صفت ودع الرنقا) (ولا تأمنن الدهر إني أمنته * فلم يبق لي خلا ولا يرع لي حقا) (قتلت صناديد الرجال ولم أدع * عدوا ولم أمهل على طغيه خلقا) (وأخليت دار الملك من كل نازع * فشردتهم غربا ومزقتهم شرقا) (فلما بلغت النجم عز ورفعة * وصارت رقاب الخلق أجمع لي رقا)