فقال المأمون: يا أبا جعفر اخرج إلى الناس وأعلمهم إن أبا الحسن لا يخرج اليوم وكره أن يخرجه، فتقع الفتنة، فخرج محمد بن جعفر إلى الناس فقال: أيها الناس تفرقوا فان أبا الحسن عليه السلام لا يخرج اليوم فتفرق الناس وغسل أبو الحسن عليه السلام في الليل ودفن، قال علي بن إبراهيم: وحدثني ياسر بما لم أحب ذكره في الكتاب قال المفيد: كان الرضا عليه السلام يكثر وعظ المأمون إذا خلا به ويخوفه بالله ويقبح ما يرتكبه من خلافه، فكان المأمون يظهر قبول ذلك منه ويبطن كراهته واستثقاله ودخل الرضا عليه السلام يوما عليه، فرآه يتوضأ للصلاة، والغلام يصب على يده، فقال عليه السلام: لا تشرك يا أمير المؤمنين بعبادة ربك أحدا، فصرف المأمون الغلام وتولى تمام وضوئه بنفسه، وزاد ذلك في غيظه ووجده.
وقبض بطوس من أرض خراسان في سفر سنة ثلاث ومائتين وله يومئذ خمس وخمسون سنة، وكانت مدة خلافته وإمامته وقيامه بعد أبيه عشرين سنة، وأمر المأمون بتغسيله وتكفينه وتحنيطه، وخرج مع جنازته يحملها حتى انتهى إلى الموضع الذي هو مدفون فيه الان، فدفنه والموضع دار حميد بن قحطبة في قرية يقال له: سناباذ من نوقان بأرض طوس وفيها قبر هارون الرشيد، وقبر أبي الحسن بين يديه في قبلته (1) قال الكليني: قبض عليه السلام في صفر من سنة ثلاث ومائتين وهو ابن خمس وخمسين سنة، وتوفي بطوس في قرية يقال لها سناباذ من نوقان على دعوة، ودفن بها، وكان المأمون أشخصه من المدينة إلى مرو على طريق البصرة وفارس، فلما خرج المأمون وشخص إلى بغداد، أشخصه معه فتوفي في هذه القرية.
وروي عن محمد بن سنان قال: قبض علي بن موسى عليه السلام وهو ابن تسع وأربعين سنة وأشهر، في عام اثنتين ومائتين، عاش بعد موسى بن جعفر عليهما السلام عشرين سنة إلا شهرين أو ثلاثة (2).