وتوفي رضي الله عنه بسر من رأى في جمادى الآخرة سنة أربع وخمسين ومأتين ودفن بداره، وعمر أربعون، وكان المتوكل أشخصه من المدينة إليها سنة ثلاث وأربعين، فأقام بها إلى أن قضى عن أربعة ذكور وأنثى أجلهم.
ومنهم العلامة المعاصر السيد محمد عبد الغفار الهاشمي الحنفي في (أئمة الهدى) (ص 136 ط القاهرة) قال:
فلما زاعت شهرته (أي الهادي (ع)) استدعاه الملك المتوكل من المدينة المنورة حيث خاف على ملكه وزوال دولته إليه بماله من علم كثير، وعمل صالح وسداد رأي، وقول حق وأسكنه بدار ملكه بالعراق في عاصمة (سامراء) وأخيرا دس له السم وتوفي منه يوم الاثنين في 25 من جمادى الآخرة سنة 254 وكان عمره إذ ذاك الوقت 40 سنة ومدة إمامته 30 سنة ودفن بداره في (سامراء) التي هي خربة الآن إلا من فئة قليلة من العرب وعلى مرقده قبة جميلة رضي الله عنه وعليه السلام.
ومنهم العلامة الشبلنجي في (نور الأبصار) (ص 224 ط العثمانية بمصر) ذكر ما تقدم ثانيا عن (الفصول المهمة) إلى قوله وكان المتوكل ثم قال:
ودفن في داره بسر من رأى يقال أنه مات مسموما والله أعلم.
ومنهم العلامة السيد عباس المكي في (نزهة الجليس) (ج 2 ص 83) قال:
وكانت ولادته (أي على الهادي) يوم الأحد الثالث عشر رجب وقيل: يوم عرفة سنة أربع، وقيل: ثلاثة عشرة ومأتين، ولما كثرت السعاية في حقه عند المتوكل أخرجه من المدينة، وكان مولده بها وأقره بسر من رأى وهي مدينة بناها المعتصم، وقد تقدم ذكرها، فأقام بها الإمام علي الهادي عشرين سنة وسبعة أشهر، وتوفي بها يوم الاثنين لخمس بقين من جمادى الآخرة، وقيل: لأربع بقين، وقيل: