وعاش مكرما متفرغا للعلم في عزلته بالمدينة، وكان الناس يأتونه فيسألونه عن الإمامة.
ولقد امتازت مدرسة أهل البيت في عصره بسعة معارفها.
وتتفجر مواهب الإمام أبي جعفر الباقر (عليه السلام) وعبقرياته عن طاقات هائلة من العلم شملت جميع أنواع العلوم والمعارف من الحديث والفلسفة وعلم الكلام والفقه والحكم العالية والآداب السامية مضافا إليها الملاحم وهي:
الأحداث التي أخبر عنها قبل وقوعها ثم تحققت بعد ذلك على مسرح الحياة والذي يدلل على مدى سعة علومه أنه مع كثرة ما انتهل العلماء من نمير علومه فإنه كان يجد في نفسه ضيقا وحرجا لكثرة ما عنده من العلوم التي لم يجد لبثها ونشرها سبيلا فكان يصعد آهاته ويقول بحسرات: لو وجدت لعلمي الذي آتاني الله عز وجل حملة، لنشرت التوحيد والإسلام والدين والشرائع، وكيف لي بذلك؟ ولم يجد جدي أمير المؤمنين (عليه السلام) حملة لعلمه حتى كان يتنفس الصعداء، ويقول على المنبر: سلوني قبل أن تفقدوني فإن بين الجوانح علما جما.
وأجمع المؤرخون والرواة على أنه كان من اثرى رجال الفكر والعلم في عصره في مواهبه وقدراته العلمية، وأنه ممن رفع منار العلم، وأبرز حقائقه وأظهر كنوزه حسبما أدلى به المترجمون له. كما ألمعنا إلى ذلك في فصول سابقة.
وإليك عزيزي القارئ نبذ مختصرة عن بعض العلوم التي اهتم الإمام (عليه السلام) بنشرها.