فانطلق وجهه وسر واقبل على الناس وقال إن الفضل كان قد عصاني في شئ فلعنته وقد تاب وأناب إلى طاعتي فتولوه فقالوا نحن أولياء من واليت وأعداء ما عاديت وقد توليناه ثم خرج يحيى بن خالد على البريد حتى وافى بغداد فهاج الناس وأرجفوا بكل شئ وأظهر انه ورد لتعديل السواد والنظر في أمور العمال وتشاغل ببعض ذلك أياما ثم دعا السندي فأمره فيه بأمره فامتثله وكان الذي تولى به السندي قتله عليه السلام سما جعله في طعامه قدمه عليه السلام إليه ويقال انه جعله في رطب اكل منه فأحس بالسم ولبث بعده ثلاثا موعوكا منه ثم مات في اليوم الثالث.
ولما مات موسى عليه السلام ادخل السندي بن شاهك الفقهاء ووجوه أهل بغداد وفيهم الهيثم بن عدي وغيره فنظروا إليه ولا أثر به من جراح ولا خنق وأشهدهم على أنه مات حتف أنفه فشهدوا على ذلك واخرج ووضع على الجسر ببغداد ونودي هذا موسى بن جعفر قد مات فانظروا إليه فجعل الناس يتفرسون في وجهه وهو ميت صلوات الله عليه.
وقد كان قوم زعموا في أيام موسى عليه السلام انه هو القائم المنتظر وجعلوا حبسه هو الغيبة المذكورة للقائم فامر يحيى بن خالد ان ينادى عليه عند موته هذا موسى بن جعفر الذي تزعم الرافضة انه لا يموت فانظروا إليه فنظر الناس إليه ميتا ثم حمل ودفن في مقابر قريش من باب التين وكانت هذه المقبرة لبني هاشم.
وروى أنه عليه السلام لما حضرته الوفاة سئل السندي ان يحضره مولى له مدنيا ينزل عند دار العباس بن محمد في مشرعه القصب ليتولى غسله وتكفينه ففعل ذلك.
قال السندي بن شاهك وكنت سألته في الاذن لي ان أكفنه وأبى