ومات في يوم الجمعة لثمان خلون من هذا الشهر في السنة المذكورة وله يوم وفاته ثمان وعشرون سنة ودفن في البيت الذي دفن فيه أبوه من دارهما بسر من رأى وخلف ابنه المنتظر لدولة الحق وكان قد أخفى مولده وستر امره لصعوبة الوقت وشدة طلب سلطان الزمان له واجتهاده في البحث عن امره ولما شاع من مذهب الشيعة الإمامية فيه وعرف انتظارهم له فلم يظهر ولده عليه السلام في حياته ولا عرفه الجمهور بعد وفاته.
وتولى جعفر بن علي أخو أبي محمد اخذ تركته وسعى في حبس جواري أبي محمد عليه السلام واعتقال حلايله وشنع على أصحابه بانتظارهم ولده وقطعهم بوجوده والقول بإمامته وأعزى بالقوم حتى أخافهم وشردهم وجرى على مخلفي أبي محمد عليه السلام بسبب ذلك كل عظيمة من اعتقال وحبس وتهديد وتصغير واستخفاف وذل ولم يظفر السلطان منهم بطائل وحاز جعفر ظاهر تركة أبي محمد عليه السلام واجتهد في القيام عند الشيعة مقامه ولم يقبل أحد منهم ذلك ولا اعتقده فيه فصار إلى سلطان الوقت يلتمس مرتبة أخيه وبذل مالا جليلا وتقرب بكل ما ظن أنه يتقرب به فلم ينتفع بشئ من ذلك.
ولجعفر اخبار كثيرة في هذا المعنى رأيت الاضراب عن ذكرها لأسباب لا يحتمل الكتاب شرحها وهي مشهورة عند الإمامية ومن عرف اخبار الناس من العامة وبالله التوفيق.
قال ابن الخشاب ولد أبو محمد الحسن بن علي المتوكل بن محمد القانع ابن علي الرضا بن موسى الأمين بن جعفر الصادق بن محمد الباقر بن علي سيد العابدين بن الحسين الشهيد بن علي بن أبي طالب عليه السلام في سنة إحدى وثلاثين ومائتين وتوفى في يوم الجمعة وقال بعض الرواة في يوم الأربعاء لثمان ليال خلون من شهر ربيع الأول سنة مائتين وستين فكان