فقيده و استدعى قبتين فجعله في أحدهما على بغل وجعل القبة الأخرى على بغل آخر وخرج البغلان من داره عليهما القبتان مستورتان ومع كل واحده منهما خيل فافترقت الخيل فمضى بعضها مع إحدى القبتين على طريق البصرة والأخرى على طريق الكوفة وكان أبو الحسن عليه السلام في القبة التي مضى بها على طريق البصرة وانما فعل الرشيد ذلك ليعمى على الناس الامر في باب أبى الحسن وامر القوم الذين كانوا مع قبة أبى الحسن ان يسلموه إلى عيسى بجعفر بن المنصور وكان على البصرة حينئذ فسلم إليه فحبسه عنده سنه وكتب إليه الرشيد في دمه فاستدعى عيسى بن جعفر بعض خاصته وثقاته فاستشارهم فيما كتب إليه الرشيد فأشاروا عليه بالتوقف عن ذلك والاستعفاء منه فكتب عيسى بن جعفر إلى الرشيد يقول له قد طال أمر موسى بن جعفر ومقامه في حبسي وقد اختبرت حاله ووضعت عليه العيون طول هذه المدة فما وجدته يفتر عن العبادة ووضعت من يسمع منه ما يقول في دعائه فما دعا عليك ولا علي وما ذكرنا بسوء وما يدعو الا بالمغفرة والرحمة لنفسه وان أنت انفذت إلى من يتسلمه مني والا خليت سبيله فاني متحرج من حبسه.
وروى أن بعض عيون عيسى بن جعفر رفع إليه انه سمعه كثيرا يقول في دعائه وهو محبوس عنده اللهم انك تعلم اني كنت أسئلك ان تفرغني لعبادتك اللهم وقد فعلت فلك الحمد فوجه الرشيد من تسلمه عن عيسى بن جعفر وصير به إلى بغداد فسلم إلى الفضل بن الربيع فبقى عنده مده طويله فأراده الرشيد على شئ من امره فأبى فكتب إليه بتسليمه إلى الفضل بن يحيى فتسلمه منه وجعله في بعض حجر دوره ووضع عليه الرصد وكان عليه السلام مشغولا بالعبادة يحيى