ويا من قل عند بليته صبري فلم يخذلني، ويا من رآني على الخطايا فلم يفضحني، ويا ذا النعماء التي لا تحصى، ويا ذا الأيادي التي لا تنقضي، أستدفع مكروه ما أنا فيه، وأعوذ بك من شره يا أرحم الراحمين (ابن النجار).
دعاء آخر له عليه السلام رواه جماعة من أعلام العامة في كتبهم:
فمنهم العلامة جمال الدين محمد بن مكرم الأنصاري في " مختصر تاريخ مدينة دمشق " (ج 8 ص 321 ط دار الفكر بدمشق) قال:
قال رزام (أبو القسر الكاتب مولى خالد القسري): بعث بي المنصور إلى جعفر بن محمد بن علي بن الحسين عليهم السلام، فلما أقبلت به إليه والمنصور بالحيرة وعلونا النجف، نزل جعفر بن محمد عن راحلته فأسبغ الوضوء، ثم استقبل القبلة فصلى ركعتين، ثم رفع يديه. قال رزام: فدنوت منه فإذا هو يقول: اللهم بك أستفتح وبك أستنجح وبمحمد عبدك ورسولك أتوسل، اللهم سهل حزونته وذلل لي صعوبته وأعطني من الخير أكثر مما أرجو واصرف عني من الشر أكثر مما أخاف.
ثم ركب راحلته، فلما وقف بباب المنصور وأعلم أصحابه فتحت له الأبواب ورفعت الستور، فلما قرب من المنصور قام إليه فتلقاه وأخذ بيده وماشاه حتى انتهى به إلى مجلسه، فأجلسه فيه، ثم أقبل عليه يسأله عن حاله، وجعل جعفر يدعو له، ثم قال:
قد عرفت ما كان مني في أمر هذين الرجلين يعني محمدا وإبراهيم ابني عبد الله بن الحسن وبري كان بهما واستخفيا عني وأخاف أن يشقا العصا وأن يلقيا بين أهل هذا البيت شرا لا يصلح أبدا، فأخبرني عنهما. فقال له جعفر: والله لقد نهيتهما فلم يقبلا، فتركتهما كراهة أن أطلع على أمرهما، وما زلت خاطبا في جعلك مواظبا على طاعتك.
قال صدقت، ولكنك تعلم أنني أعلم أن أمرهما لن يخفى عنك ولن تفارقني إلا أن