ودخل عليه جماعة من أعلام شيعته فدلهم على أمامة ولده الباقر، ونصبه مرجعا وعلما لأمة جده، ثم دفع إليه سفطا وصندوقا فيه مواريث الأنبياء، وكان فيه سلاح رسول الله (صلى الله عليه وآله) وكتبه (2).
وقال الإمام زين العابدين (عليه السلام): ألا وإنه الإمام أبو الأئمة، معدن العلم، يبقره بقرا، والله لهو أشبه الناس برسول الله (صلى الله عليه وآله).
قال المسعودي: فلما قربت أيامه - يقصد علي بن الحسين - (عليه السلام)، أحضر أبا جعفر ابنه، وأوصى إليه، فحضر جماعة من خواصه الوصية الظاهرة، وسلم إليه بعد ذلك الاسم الأعظم، ومواريث الأنبياء.
ودخل جابر على علي بن الحسين (عليهما السلام) فوجد ابنه محمد بن علي (عليهما السلام) عنده غلاما، فقال له: من هذا؟
قال: هذا ابني، وصاحب الأمر بعدي، محمد الباقر (عليه السلام) (3).
وما رواه محمد بن يعقوب الكليني، عن أحمد بن إدريس، عن محمد بن عيسى الجبار، عن أبي القاسم الكوفي، عن محمد بن سهل، عن إبراهيم بن أبي البلاد، عن إسماعيل بن محمد بن عبد الله بن علي بن الحسين، عن أبي جعفر قال: لما حضرت علي بن الحسين (عليه السلام) الوفاة أخرج سفطا أو صندوقا عنده، فقال: يا محمد احمل هذا الصندوق، قال: فحمل بين أربعة [رجال] فلما توفي جاء إخوته يدعون في الصندوق سهما، قال: والله ما لكم فيه شئ، ولو كان لكم فيه شئ ما دفعه إلى، وكان في الصندوق سلاح رسول الله وكتبه (4).
وجاء في بحار الأنوار للشيخ المجلسي، عن مالك بن أعين الجهني قال: