وقد روى الناس ان أم الفضل كتبت إلى أبيها من المدينة تشكو أبا جعفر وتقول انه يتسرى علي ويغيرني فكتب إليها المأمون يا بنيه انا لم نزوجك أبا جعفر لنحرم عليه حلالا فلا تعاودي لذكر ما ذكرت بعدها.
ولما توجه أبو جعفر عليه السلام من بغداد منصرفا من عند المأمون ومعه أم الفضل قاصدا بها المدينة صار إلى شارع باب الكوفة ومعه الناس يشيعونه فانتهى إلى دار المسيب عند مغيب الشمس فنزل ودخل المسجد وكان في صحنه نبقة لم تحمل بعد فدعا بكوز فيه ماء فتوضأ في أصل النبقة وقام فصلى بالناس صلاة المغرب فقرأ في الأولى الحمد وإذ جاء نصر الله والفتح وقرأ في الثانية الحمد وقل هو الله أحد وقنت قبل ركوعه فيها وصلى الثالثة وتشهد وسلم ثم جلس هنيئة يذكر الله تعالى وقام من غير أن يعقب فصلى النوافل أربع ركعات وعقب بعدها وسجد سجدتي الشكر فلما انتهى إلى النبقة رآها الناس وقد حملت حملا حسنا فتعجبوا من ذلك وأكلوا منها فوجدوه نبقا حلواء لا عجم له وودعوه ومضى عليه السلام من وقته إلى المدينة فلم يزل بها إلى أن أشخصه المعتصم في أول سنة عشرين ومأتين إلى بغداد فأقام بها حتى توفى في آخر ذي القعدة من هذه السنة ودفن في ظهر جده أبي الحسن موسى عليهما السلام.
وعن علي بن خالد قال كنت بالعسكر فبلغني ان هناك رجلا محبوسا اتى به من الشام مكبولا وقالوا انه تنبأ قال فأتيت الباب ودفعت شيئا للبوابين حتى وصلت إليه فإذا رجل له فهم وعقل فقلت له يا هذا ما قضيتك قال إني كنت رجلا بالشام أعبد الله في الموضع الذي يقال انه نصب فيه رأس الحسين عليه السلام فبينا انا ذات ليله في موضعي مقبل على المحراب أذكر الله تعالى إذ رأيت شخصا بين يدي فنظرت إليه فقال لي قم فقمت معه فمشى