وكتابه «المصنف» طبع في تسعة مجلدات مع الفهارس، وفي مجلده الثامن طبع كتابه «الرد على أبي حنيفة»، فإنه أورد عليه مسائل له في أبواب مختلفة في الفقه.
ويعلم بذلك أنه كان شديد العداوة لأبي حنيفة، ومن المؤثرين في تكون اعتقاد البخاري ونضجه في الحديث، ونشر عقدته من أبي حنيفة، مع ما أكد عليهم الخليفة العباسي في الرد على الجهمية.
وروى الذهبي في ذلك: «قال إبراهيم نفطويه: في سنة أربع وثلاثين ومائتين أشخص المتوكل الفقهاء والمحدثين، فكان فيهم: مصعب بن عبد الله الزبيري، وإسحاق بن أبي إسرائيل، وإبراهيم بن عبد الله الهروي، وأبو بكر وعثمان ابنا أبي شيبة، وكانا من الحفاظ. فقسمت بينهم الجوائز، وأمرهم المتوكل أن يحدثوا بالأحاديث التي فيها الرد على المعتزلة والجهمية.
قال: فجلس عثمان في مدينة المنصور واجتمع عليه نحو من ثلاثين ألفا، وجلس أبو بكر في مسجد الرصافة، وكان أشد تقدما من أخيه واجتمع عليه نحو من ثلاثين ألفا». (1) نعيم بن حماد (2) ابن معاوية بن الحارث المروزي المتوفى 228 ه‍، وهو من شيوخ البخاري، شديد العداء لأبي حنيفة.... وصفه الذهبي بأنه من أئمة الحديث ومن أوعية العلم، ثم قال: «ولكنه لا تركن النفس إلى رواياته، وأنه كان يضع الحديث في تقوية السنة،