أخلاط الناس وفيهم الأعراب رجالا ونساءا، معهم الصبية الصغار ينزلون في زوايا المسجد ويبيتون فيها ليالي، فلربما يصل إلى أرض المسجد شيء من القذارات يكون الواجب تنزيهها عنه، فتنحت الأرض نحتا ويطرح ترابها إلى خارج المسجد، وفيه من المحذور الشرعي ما لا يخفى، فاعتنى السيد (رحمه الله) بهذا الشأن وطم أرض المسجد بالتراب الطاهر من خارجها، صونا للبقعة الشريفة عما يمس بطهارتها وتيسيرا لإزالة الدرن عنها، فصارت أرض فوق أرض، ووضع محاريب فوق المحاريب الأصلية على صورة يراها اليوم كل قاصد ومرتاد، ثم لما كثر في عصرنا الفساد في تلك الحجر، جاء الحاج ميرزا أبو القاسم الكرباسي في سنة 1310 فهدم قواطع الحجر وجعلها إيوانات، كل ذلك حفظا للمسجد من وقوع الفساد فيه، ثم إنه في سنة 1325 تصدى السيد علي كمونة سادن الحرم العلوي، فصنع خانا عظيما إلى جنب المسجد من الجهة الغربية وهو على طوله، وبنى فيه حجرا وبنى سوقا لأجل الزائرين القاصدين للمسجد، وعمل مرابط للحيوانات على باب الخان، وقد ساعده على بذل الأموال سيد شهم من أهل البحرين، فبني وتم بناؤه سنة 1327.
ومنها: أن في مسجد سهيل، المعروف بمسجد السهلة، مقاما لحجة الله الإمام المنتظر عجل الله فرجه، ولم يكن معهودا بين الناس، فأمر السيد بحر العلوم (رحمه الله) ببناء القبة فيه تعيينا لذلك المقام الكريم، ولا غرو فإنه (رحمه الله) أعرف به وأدرى، ولا ينبؤك مثل خبير.