العراق وأقام بها مدة.. ولما جاء في كتاب " عقيدة الشيعة " للمستشرق دوايت:
وقد ساهم عدد من تلامذة الصادق مساهمة عظمى في تقدم علمي الفقه والكلام، وصار اثنان منهم، وهما أبو حنيفة ومالك بن أنس، فيما بعد، من أصحاب المذاهب الفقهية، وكان واصل بن عطاء رئيس المعتزلة، وجابر بن حيان الكيماوي الشهير من تلامذته، إلى غير ذلك مما ذكره الباحثون من غربيين وشرقيين.
الطابع الخاص لمدرسة الإمام جعفر الصادق وتعاليمه نوجز الكلام عن تعليم الإمام وطابعه الخاص على ضوء آثاره التي حفظها التراث الاسلامي، ويستطيع الوصول إليها من أراد ذلك. وقد حفظ له هذا التراث أصولا في الكيمياء، وفي علم الكلام والتوحيد، وفي الأخلاق، وفي العلوم الدينية بشتى فروعها:
الكيمياء: للصادق رسائل في الكيمياء درجها تلميذه جابر بن حيان في مؤلفاته العديدة. وقد نشر بعضها، والبعض الآخر لم ينشر بعد، وهو موجود في القاهرة. ومما طبع: كتاب الرحمة، وكتاب الميزان، وكتاب الملك، وكتاب مختار رسائل جابر بن حيان، ونترك الكلام عن طابعها وفوائدها إلى ذوي الاختصاص.
علم الكلام والتوحيد: له كتاب توحيد المفضل، درجة المجلسي في كتاب البحار بكامله، وطبع مستقلا بمصر. وله احتجاجات وتعاليم في الإلهيات يجدها المتتبع في كتاب أصول الكافي للكليني، وكتاب الشافي للسيد المرتضى، وفي غيرهما من كتب الحديث والعقائد لعلماء الشيعة الإمامية.
وطريقته لفهم ما وراء الطبيعة ترتكز على منطق العقل والفطرة والثقة بما يستنتجه ويستنبطه من الفرض الصحيح فكل فرض يصح إذا كان نتيجة منطقية لقضية بديهية. وهذا الأسلوب يعتمده اليوم علماء الطبيعة وغيرهم وبه يستدل الإمام على حدوث العالم، وبحدوثه على وجود الصانع. وكان يوجه اهتماما بالغا إلى إزاحة كل شبهة تحوم حل وحدانية الله وعدله وقدرته وسموه، وحول بعث الأنبياء وتنزيههم.