وزهاق الأنفس وسلب الأموال فيضطر الدولة والسلطان إلى التداخل في الأمر وتسكين نائرة الفتنة، وإذ كانت الرئاسة الدينية للشيعة في تلك الزمان منتهية إلى الشيخ الجليل المصنف - ره - أصابه لفحة من نيران تلك الفتن حتى صار سببا إلى إبعاده من بغداد لأجل تسكين نائرة الفتنة ثم إعادته إليها بعد ذلك.
فقد ذكر المؤرخ الشهير عز الدين بن الأثير في كتابه المعروف ب‍ (التاريخ الكامل) في طي حوادث سنة ثلاث وتسعين وثلاثمائة: وفيها اشتدت الفتنة ببغداد وانتشر العيارون والمفسدون، فبعث بهاء الدولة عميد الجيوش أبا علي بن أستاذ هرمز إلى العراق ليدبر أمره فوصل إلى بغداد فزينت له وقمع المفسدين ومنع أهل السنة والشيعة عن إظهار مذاهبهم ونفى بعد ذلك (ابن المعلم) فقيه الإمامية إلى الخارج ليستقيم الأمور (فاستقام البلد خ‍) (1) وذكر أيضا في حوادث سنة ثمان وتسعين وثلاثمائة:
وفيها وقعت الفتنة ببغداد في رجب وكان أولها أن بعض الهاشميين من أهل البصرة (باب البصرة خ) - كان أهل هذا المحل سنيون متعصبون - أتى (ابن المعلم) فقيه الشيعة في مسجده بالكرخ (2) فأذاه ونال منه فثار به أصحاب ابن المعلم واستنفر