وبالرغم من ذلك فإن فكرة العناصر المشتركة وأهمية دورها في عمليات الاستنباط لم تكن بالوضوح والعمق الكافيين في أول الامر، وإنما اتضحت معالمها وتعمقت بالتدريج خلال توسع العمل الفقهي ونمو عمليات الاستنباط ولم تنفصل دراسة العناصر المشتركة بوصفها دراسة عملية مستقلة عن البحوث الفقهية وتصبح قائمة بنفسها إلا بعد مضي زمن منذ ولادة البذور الأولى للتفكير الأصولي، فقد عاش البحث الأصولي ردحا من الزمن ممتزجا بالبحث الفقهي غير مستقل عنه في التصنيف والتدريس، وكان الفكر الأصولي خلال ذلك يثري ويزداد دوره وضوحا وتحديدا، حتى بلغ في ثرائه ووضوحه إلى الدرجة التي أتاحت له الانفصال عن علم الفقه.
ويبدو أن بحوث الأصول حتى حين وصلت إلى مستوى يؤهلها للاستقلال، بقيت تتذبذب بين علم الفقه وعلم أصول الدين، حتى أنها كانت أحيانا تخلط ببحوث في أصول الدين والكلام، كما يشير إلى ذلك السيد المرتضى في كتابه الأصولي " الذريعة " إذ يقول: " قد وجدت بعض من أفرد لأصول الفقه كتابا وإن كان قد أصاب في سرد معانيه وأوضاعه ومبانيه ولكنه قد شرد عن أصول الفقه وأسلوبها وتعداها كثيرا وتخطاها، فتكلم على حد العلم والنظر وكيف يولد النظر والعلم ووجوب المسبب عن السبب.. إلى غير ذلك من الكلام الذي هو محض صرف خالص الكلام في أصول الدين دون أصول الفقه ".
وهكذا نجد أن استقلال علم أصول الفقه بوصفه علما للعناصر المشتركة في عملية استنباط الحكم الشرعي وانفصاله عن سائر العلوم الدينية من فقه وكلام، لم ينجز إلا بعد أن اتضحت أكثر فأكثر فكرة العناصر المشتركة لعملية الاستنباط وضرورة وضع نظام عام لها، الامر الذي ساعد على التمييز بين طبيعة البحث الأصولي وبطبيعة البحوث الفقيهة والكلامية، وأدى بالتالي