نشأة الكليني العلمية الأولى اتضح من كل ما تقدم أن العوامل الطبيعية - من هزات أرضية، وزلازل، و أمراض، وأوبئة، كالطاعون وموت الفجأة، وعواصف وسيول،... - والعوامل السياسية، والفتن والعصبيات التي ظهرت وتفاقم أمرها في بلاد الري أثرت على المعالم الخارجية للمدينة، فقد خربت المدينة من جراء الفتن الدائرة بين المذاهب آنذاك، وكان خرابها لمرات عديدة، ثم تدخل الحكام، والسياسة العباسية لخلق تلك الصراعات، كان له الدور الكبير في طمس المعالم التأريخية والعلمية لكثير من العلماء ورجال الدين، وبالخصوص علماء الشيعة الإمامية، بل قد ضاعت علينا أخبارهم، وانطمست آثارهم، فلم يبق عندنا سوى عناوين وأسماء بين كتب التراجم والرجال.
والشيخ الكليني هو أ حد أولئك العلماء التي ضاعت أخباره، ولم تصل إلينا عن نشأته وحياته العلمية في مراحلها الأولى إلا النزر القليل، بل وحتى والده يعقوب بن إسحاق الكليني الذي - حاليا - له مقبرة ومزار عام، فهو الاخر لم يحدثنا