أثره في الإمامة المسألة الأخرى التي أطنب فيها العامة، وكثر حديثهم وجد لهم انتصارا للباطل، هي مسألة الإمامة.
ولما كانت النصوص الواردة عن النبي صلى الله عليه وآله كثيرة جدا في أحقية الإمام علي ابن أبي طالب عليه السلام بإمرة المسلمين، و إمامته لهم، وخلافته، إنما كانت منصوبة من الله سبحانه، فما كان من أهل السنة والجماعة إلا أن يأولوا تلك النصوص من الآيات والأحاديث، تمشيا لما جرى في الخارج من أحداث، وتبريرا لما فعله الخليفة الأول والثاني والثالث، إلا أن تأويلهم ذاك لا طائل من ورائه.
وقد حرص أهل البيت عليهم السلام على إظهار معنى الإمامة للناس، وبيان شرائطها ولزومها، ثم بيان عدد الأئمة، وصفاتهم، وميراثهم من الرسول صلى الله عليه وآله وخصوصياتهم...
وقد اعتمد الكليني الأصول الأربعمائة، ومصنفات أصحاب الأئمة عليهم السلام، وانتقى منها ما يلائم هذا الموضوع، وأفرد له كتابا خاصا سماه كتاب الحجة، وهو ثالث الكتب التي بدأ بها كتابه " الكافي "، وقد تضمن هذا الكتاب مائة وثلاثين