كان الأستاذ يدرس في الأزهر عند أحد الشيوخ، وكان هذا الشيخ يمقت الإمام الراحل المراغي، ويلتمس له العثرات ليحدث تلاميذه بها، وذات يوم رأى التلاميذ شيخهم هذا يقبل يد المراغي، وينحني له كأنه في ركوع، وفي أثناء الدرس سأل التلاميذ شيخهم عن تلك المودة والخضوع، فأجاب الشيخ: يا أبنائي " نقبلها ونلعنها " وقد تأكد التلاميذ فيما بعد أن " نقبلها ونلعنها " قاعدة مطردة يلتزمها معظم شيوخ الأزهر. وفي عام 1936 كان الأستاذ خالد يدرس كتابا كبيرا في الفقه يضم بين دفتيه حشدا من المسائل التافهة، منها " مسألة " من صلى وهو يحمل قربة فساء، فهل تصلح صلاته أم تكون باطلة، ويذكر مثلا آخر من كتاب التوحيد الذي يدرسه طلاب كلية أصول الدين في الأزهر. قال صاحب هذا الكتاب " لا يجوز عزل الإمام بالفسق والخروج عن طاعة الله، ولا بالظلم والجور على عباد الله. لأنه قد ظهر الفسق، وانتشر الجور من الأئمة والأمراء بعد الخلفاء الراشدين، وكان السلف ينقادون لهم. ولا يرون الخروج عليهم ".
ويوم ابتدع فاروق لنفسه نسبا كاذبا برسول الله ص قام خطباء المساجد يسألون الله أن يوفق مليكهم المعظم ويرعاه، وقال بعض الشيوخ: " لقد علم الله أن مليكنا الصالح من سلالة نبيه الكريم، فألهم والده العظيم أن يختار له اسما قريبا من النبوة ألا وهو الفاروق " وبعد أن ذهب فاروق هذا وقف شيخ من العلماء بين يدي اللواء محمد نجيب فحوقل وبسمل وقال إن فرعون (أي فاروق) علا في الأرض، وجعل أهلها شيعا.
واجتمعت مرة لجنة الفتاوى بالأزهر، وقررت إخراج أبي ذر من الإسلام، وظهرت الصحف تحمل طعن العمائم فيه لأن المصلحين والجائعين يستشهدون بأقوال هذا الصحابي الجليل، ونشرت جريدة الأهرام حديثا لشيخ الأزهر السابق. قال فضيلته: إن الشعب الروسي شقي وتعس، ونظامه الاقتصادي فاشل، والبطالة متفشية، والعمال ساخطون. مع أن هذا الشيخ لو سئل عن حي الزمالك لما عرف أين يقع!
وخاطب الأستاذ خالد شيخ الأزهر قائلا: أن مهمتك تبدأ من الإجابة على هذا السؤال: هل الأزهر مقبرة أم جامعة؟ فإذا كان مقبرة فليبق كما هو،