المجموعة إلا (الوافية) الذي هو من خير ما ألف في هذا العلم على ما فيه من إيجاز وقد طبع الكتاب قبل زمن طويل في الهند ونفذ في حينه، ولم يعد لهذا الكتاب وجود وأثر في الأوساط العلمية حتى أقدم أخيرا مجمع الفكر الاسلامي بإعادة طبعه وإخراجه بصورة جيدة، وقد تم تحقيق هذه الطبعة بجهود أخينا الجليل السيد محمد حسين الكشميري حفظه الله وجزاه الله خيرا.
وللشيخ الأنصاري في (فرائد الأصول) اهتمام بليغ بهذا الكتاب فهو يذكره ويشيد ب آرائه وينتقده باحترام خاص.
وقد سبق الفاضل التوني معاصريه في تنظيم أبواب الأصول ونقد المنهج الأصولي المعمول به لدى العلماء في عصره ومن قبلهم. فهو يرى أن علم الأصول ينقسم إلى شطرين، مباحث الألفاظ والمباحث العقلية وهو التقسيم المعمول به إلى حد ما حتى اليوم. ويرى أن مباحث مقدمة الواجب والضد والمفاهيم يجب أن تندرج في المباحث العقلية دون مباحث الألفاظ في الوقت الذي كان العلماء المعاصرون له ومن قبلهم يدرجون هذه المباحث في بحث الألفاظ.
وحتى اليوم، فإن المنهج المعمول به والمتعارف في الكتب الأصولية ودروس الأصول هو درج هذه الأبحاث في مباحث الألفاظ، فالمحقق الخراساني مثلا وضع هذه المباحث في المجلد الأول من كتابه (كفاية الأصول) وهو المجلد الخاص بمباحث الألفاظ... وفي (الوافية) يضع الفاضل التوني هذه المباحث ضمن الأبحاث العقلية تحت عنوان (التلازم بين الحكمين) وقد وجدنا من المتأخرين المحقق الشيخ محمد الحسين الأصفهاني يلتزم بهذا النظم إلى حد ما في كتابه القيم الذي وضعه في أصول الفقه وهو: (الأصول