ولقد تضمنت طريقته التصنيفية على فن لم يوجد مثله في سائر السنن حيث كان بعنوان أبوابا مستقلة لعلل الأحاديث مثلا بقوله:
عدد مسح الرأس وذكر اختلاف الناقلين للخبر في ذلك أو مثلا في (كتاب السهو / باب ذكر اختلاف ألفاظ الناقلين لخبر أبي هريرة في قصة ذي اليدين). وهكذا.. فقد كان يعنون للمسائل الخلافية في العلل ويفرد لها تراجم مستقلة في صورة أبواب..
(*) تفرد بطريقة تفصيل المتابعات على غير طريقة البخاري في صحيحه فبينما كان يختصر البخاري متابعته إذ يقول مثلا:
" تابعه فلان " حيث يقصد أن فلانا هذا رواه بإسناد من طريقة متابعا للراوي الأصلي لجأ النسائي إلى تفصيل ذكر المتابعات كطرق مستقلة بإسنادها ومتنها وهذه ميزة قوية في سننه الكبرى.
(*) أورد النسائي كثيرا من المتابعات في سننه الكبرى لا توجد في المجتبى أصلا. ومن ذلك حديث أبي مجشر في نكاح سلمة بن غيلان لعشرة نساء فأمره النبي (ص) أن يمسك منهن أربعة وهكذا.
(*) احتوى كتابه السنن الكبرى على بيان عدة أصول فقهية ة مثل التنبيه على قضية النسخ وزمن الحديث مثل أن يفرد بابا فقهيا معينا وحكمه ثم يتبعه بباب يقول فيه " نسخ ذلك " وهكذا.
(*) زيادة بعض تراجم الأبواب في السنن الكبرى عما في المجتبى كما أنه يمكن أن يختلف طول عنوان الباب بينهما تفصيلا أو إيجازا كما سيتضح إن شاء الله.
وخلاصة الفرق بين السنن الكبرى، وكتابه المجتبى تكمن في الآتي:
1 - تفرد النسائي في الكبرى بذكر 21 كتابا لم يذكرها في المجتبى وسبق إفراد صحيفة لها.
2 - إيراد طرقا ومتابعات لم يوردها في المجتبى.
3 - سرد الرواية متنا أو سندا وفيها اختلافات غير مؤثرة: كتأخير وتقديم أو