حل الخراج كان هو المشهور وأن الشيخ علي صنف رسالة في حله سماها " قاطعة اللجاج في حل الخراج " فصنف الشيخ إبراهيم رسالة في مقابلته سماها " السراج الوهاج لدفع لجاج قاطعة اللجاج " واقتفى أثره المحقق المقدس الأردبيلي في شرح الإرشاد وقد حققنا المسألة في كتاب المتاجر من " الحدائق الناضرة " وفق الله تعالى لإتمامها، وصنف " ره " رسالة في حرمة الجمعة زمان الغيبة مطلقا ردا على الشيخ علي " ره " في رسالته التي في وجوبها بشرط الفقيه الجامع للشرائط وصنف رسالة في القول بالمنزلة في الرضاع ردا على الشيخ علي في رسالته التي ألفها في بطلان القول بالتنزيل وفي الجميع ما أصاب ولا وافق الصواب وقد حققنا جميع ذلك بما لا مزيد عليه في كتاب (الحدائق الناضرة)، وفي رسالة (كشف القناع عن صريح الدليل في الرد على من قال في الرضاع بالتنزيل) ونقل عن الأفاضل قال وقد سمعنا من المشائخ أنه كان " ره " بمشهد الحسين " ع " أو المشهد الغروي (على مشرفيهما أفضل الصلاة والسلام) وقد اتفق ورود الشيخ علي هناك واجتمعا خلف القبر المبارك في الرواق وكان (الشاه طهماسب) قد أرسل في تلك الأوقات للشيخ إبراهيم المذكور جائزة وردها الشيخ واعتذر من ذلك بأنه لا حاجة له في أخذها فقال له الشيخ علي ورد عليه إنك أخطأت في ذلك وارتكبت محظورا أو مكروها واستدل على ذلك القول بأن مولانا الحسن " ع " قد قبل جوائز معاوية ومتابعته " ع " والتأسي به إما واجبا أو مندوبا وتركها إما حرام أو مكروه كما تحقق في الأصول وهذا السلطان لم يكن أنقص درجة من معاوية وأنت لم تكن أعلى مرتبة من الحسن عليه السلام فأجابه الشيخ إبراهيم بجواب اقناعي.