أقاتل الفئة الباغية مع علي (رضي الله عنه). ونحوه في ج 3 ص 953 ورووا أن ندمه على عدم إطاعة علي كان شديدا إلى حد أنه كاد أن يثور في وجه معاوية. فقد روى البخاري في صحيحه ج 3 جزء 5 ص 48: قال خطب معاوية فقال: من كان يريد أن يتكلم في هذا الأمر فليطلع لنا قرنه، فلنحن أحق به منه ومن أبيه! قال حبيب بن مسلمة: فهلا أجبته؟ قال عبد الله: هممت أن أقول: أحق بهذا الأمر منك من قاتلك وأباك على الإسلام، فخشيت أقول كلمة تفرق بين الجمع! وجاء في تاريخ الإسلام للذهبي ج 3 ص 553 و ج 5 ص 463: قال ابن عمر: فحللت حبوتي وهممت أن أقول: أحق به من قاتلك وأباك على الإسلام!
ثم كانت علاقاته حسنة مع بني أمية ومع الثائرين عليهم - روى البخاري في الأدب المفرد ص 299 عن عبد الله بن دينار أن عبد الله بن عمر كتب إلى عبد الملك ابن مروان يبايعه فكتب إليه.. فإني أحمد إليك الله الذي ولولا إله إلا هو، وأقر لك بالسمع والطاعة.
- وقال الذهبي في تاريخ الإسلام ج 8 ص 195 عن عمير بن هاني قال: وجهني عبد الملك بكتاب إلى الحجاج وهو محاصر ابن الزبير، وقد نصب المنجنيق يرمي على البيت، فرأيت ابن عمر إذا أقيمت الصلاة صلى مع الحجاج، وإذا حضر ابن الزبير المسجد صلى معه.
- وقال ابن أبي شيبة في المصنف ج 4 ص 340 عن مغيرة عن رجل أنه رأى ابن عمر صلى خلف ابن الزبير بمنى ركعتين، قال:
ورأيته صلى خلف الحجاج أربعا!
- وقال الذهبي في تاريخ الإسلام ج 5 ص 60 وكان المختار محسنا إلى ابن عمر يبعث إليه بالجوائز والعطايا لأنه كان زوج أخت المختار.. وكان (المختار) غلاما يعرف بالانقطاع إلى بني هاشم ثم خرج في آخر