وفي سنة (517 ه‍ / 1123 م) في أيام المسترشد بالله الفضل بن أحمد المستظهر بالله العباسي المتوفى سنة (529 ه‍ / 1135 م) الحاكم التاسع والعشرون من ملوك بني العباس، حدثت نكبة أخرى في بغداد، وتفاقمت الأحداث بين السنة والشيعة، فشن المخالفون المتعصبون هجوما على مرقد الإمامين، فقلعوا الأبواب، ونهبوا المعلقات والستائر، وقناديل الذهب والفضة، وخربوا كل معالم زينة الروضة المباركة. فأنكر المسترشد ذلك العمل، وأمر بتأديب المهاجمين الناهبين، ورد ما نهبوه. فتمكنوا من استعادة بعض ما نهب، وضاع الكثير.
وفي سنة (554 ه‍ / 1159 م) في ربيع الثاني طغى ماء دجلة أيضا، فغرقت بغداد ومقابرها، ومنها مقبرة أحمد بن حنبل وغيرها من الأماكن والمقابر، حتى إن بعض القبور انخسفت، وطفحت أجساد الموتى على سطح الماء، إلا مشهد الإمامين والحربية (1)، قاله ابن الجوزي في المنتظم (2)، فقد أغلقت أبوابها، فلم يدخل إليها الماء، وكانت آية عجيبة.
وفي سنة (569 ه‍ / 1173 م) فاضت دجلة، وزاد الماء زيادة لم يسبق بمثلها، فسرى الماء إلى مقابر قريش، حتى دخل إلى الروضة المقدسة، فتهدمت بعض الأبنية فيها، وتهدم أكثر سور المشهد المقدس.
وفي سنة (575 ه‍ / 1180 م) استلم الملك الناصر لدين الله أحمد بن المستضيء العباسي المتوفى سنة (622 ه‍ / 1225 م)، وكان يميل لحب أهل البيت (عليهم السلام). فوكل وزيره مؤيد الدين محمد بن محمد القمي بالإشراف على تعمير