ومنهيا الحكم الصفوي للعراق. وبعد أربعة أيام من دخوله بغداد، تجول في العتبات المقدسة في الكاظمية وكربلاء والنجف الأشرف. وأمر بإتمام النواقص الطفيفة التي لم تنجز من أعمال البناء التي بدأها الشاه إسماعيل الأول الصفوي لمرقد الإمامين الكاظمين (عليهما السلام).
وفي سنة (978 ه‍ / 1570 م) ورد السلطان العثماني سليم الثاني المتوفى سنة (982 ه‍ / 1574 م) بغداد. ورغم أنه كان سكيرا، فقد قام بزيارة الكاظمية المقدسة، وأكمل بناء المنارة الواقعة ما بين المشرق والشمال والتي لم يكن بناؤها قد اكتمل بعد.
وفي سنة (1032 ه‍ / 1623 م) زار الشاه عباس الصفوي الكبير العتبات المقدسة في العراق - بعد فتحها مرة ثانية - وأمر بصنع ضريح من الفولاذ - ولأول مرة - لحفظ صندوقي الخاتم، فصنع الضريح ووضع على الصندوقين الكريمين.
وزاد في النفائس والمعلقات وأنواع الزينة في الروضة والرواق.
وفي سنة (1042 ه‍ / 32 - 1633 م) زادت دجلة زيادة هائلة، فحدث نتيجتها فيضان عظيم تضررت من جرائه بغداد والكاظمية ومنها مرقد الإمامين (عليهما السلام)، فحصلت فيه أضرار كثيرة. فأمر الشاه صفي الصفوي المتوفى سنة (1052 ه‍ / 1643 م) بترميم ما خربته المياه من الروضة والرواق والصحن.
وفي سنة (1045 ه‍ / 35 - 1636 م) أمر الشاه صفي الدين بإحكام بناء المنائر الأربع التي بدأها الشاه إسماعيل الأول، وزاد أربع منائر أخرى صغيرة في زوايا سطح الروضة المقدسة.
وفي سنة (1047 ه‍ / 1638 م) دخل السلطان العثماني مراد الرابع المتوفى سنة (1049 ه‍ / 1640 م) بغداد منتزعا إياها من يد الصفويين بعد حصار لها دام أربعين يوما. فنهب الجنود الأتراك البلدة، وقتلوا من وجدوه أمامهم من الناس،