فالقداسة والحرمة شيء غير متصور عند المغول التتر. بل، لا يوجد في قاموس هؤلاء الثقافي شيء اسمه حرمة أو رحمة.
وفي سنة (657 ه‍) عين هولاكو علاء الدين عطا مالك بن محمد المتوفى سنة (681 ه‍ / 1283 م) حاكما على العراق، فقام بترميم المشهد الشريف، وتزيين جدران الروضة من الداخل والخارج، وزين الرواق والصحن بالقاشاني النفيس، وزاد في النفائس والمعلقات في داخل الروضة.
وفي سنة (765 ه‍ / 1364 م) حدث بدجلة طغيان عظيم، فعم الغرق جميع بغداد، وعبث الماء في مشهد الكاظمين، فحدثت من جراء ذلك أضرار كثيرة بقيت على حالها حتى مجيء السلطان أويس بن حسن الجلائري المتوفى سنة (75 - 776 ه‍ / 1374 م) فقام سنة (769 ه‍ / 67 - 1368 م) بتعمير وترميم ما خربه الفيضان من المشهد المقدس. فعمر الرواق والصحن والروضة الشريفة وزينها بالقاشاني البديع، كما عمر القبتين والمنارتين إلى غير ذلك من أعمال الإصلاح والترميم.
وفي سنة (776 ه‍ / 1374 م) طغى ماء دجلة على ضفتيه طغيانا شديدا، فلم يترك من دور بغداد ومحالها وأسواقها إلا القليل الذي سلم من الأضرار والتهديم. وقد هلك ناس كثيرون تحت هدم البيوت. كذلك لم تنج الروضة الكاظمية من هذا الفيضان المدمر، فتهدمت بعض أبنيتها، وتشقق البعض الآخر الذي صمد أمام تيار الماء الجارف.
فقام وجيه الدين إسماعيل ابن الأمير زكريا الوزير، الذي حكم العراق يومئذ من قبل السلطان الجلائري الشيخ أويس بن حسن بزرك، ببناء ما تهدم من أبنية وجدران المرقد الشريف، وإصلاح ما خربه السيل..
وتمر السنون.. ويأتي دور الحكم الصفوي، ويحتل الشاه إسماعيل الأول