وفي عام 334 سيطر معز الدولة البويهي على أزمة الحكم في بغداد، وكان من جملة أعماله خلال أيام ملكه، تشييد المرقد الكاظمي تشييدا رائعا في عمارته، وإنزال جماعة من الجنود الديالمة لغرض الخدمة والحفاظ على الأمن، وكان من جملة آثار استتباب الأمن في العهد البويهي والتصاق مقابر قريش ببغداد، ذهاب الناس في أعداد غفيرة إليها في الجمعات والمواسم والمناسبات الدينية، كذكرى مقتل الإمام الحسين (عليه السلام) وعيد الغدير وما شابه ذلك من المناسبات.
وقد تعرضت المدينة خلال فترات تأريخية متعاقبة إلى الغرق والفيضان سيما في سنة 367 ه‍ وسنة 466 ه‍ وسنة 554 ه‍ وسنة 569 ه‍، ثم سنة 614 ه‍ وسنة 646 ه‍ وسنة 654 ه‍، ولما حدث فيضان سنة 614 ه‍ أثر في المشهد ومدينته أثرا بالغا، وقام الناصر لدين الله بتعمير ما خربه الماء، كما شيد سورا جديدا للمشهد، وذلك سنة 614 ه‍.
وانطوى العصر العباسي وبلدة المشهد الكاظمي محلة عامرة مفردة، فيها خلق كثير، وذات سور، وتضم سائر مقتضيات المدن ومرافقها من دور وسكان وعمارة، ونقيب يشرف على شؤون المشهد والبلدة غير نقيب العلويين أو الطالبيين.
وفي الشهر الأول من عام 656 ه‍ حاصر الجيش المغولي بغداد، وتم احتلالها يوم الاثنين الثامن عشر من المحرم أو بعد ذلك بأيام، ووافق هذا الاحتلال عدد من حوادث التخريب والتلف وضروب من المصائب والنكبات.
وعلى الرغم من خروج بلدة المشهد الكاظمي عن خط زحف الجيش المحتل، وعدم وجود أية قوة عسكرية عباسية فيها، فقد أصيبت بشيء من ذلك الخراب العام، كما أصيب المشهد نفسه بالحريق، وسارع الوزير ابن العلقمي إلى الأمر بإصلاح ما تلف وتجديد ما اندثر من البلدة، كما قام صدر الوقوف شهاب الدين