وله - أيضا - في المنطق والحكمة والكلام، على ما أشار إليه في الكتابين المتقدمين: كتاب القواعد الجلية في شرح الشمسية، وكتاب: نهج العرفان في علم الميزان، وكتاب: النور المشرق في علم المنطق، وكتاب:
الدر المكنون في علم القانون: نظم البراهين في أصول الدين، وكتاب: تسليك النفس إلى حظيرة القدس. وكتاب: معارج الفهم في شرح النظم، وكتاب: كشف الفوائد في شرح قواعد العقائد. وكتاب مقصد الواصلين في أصول الدين، وكتاب الأبحاث المفيدة في تحصيل العقيدة وكتاب: منهاج الهداية ومعراج الدراية * وكتاب: تحرير الأبحاث في معرفة العلوم الثلاث، وكتاب: كاشف الاستار في شرح كشف الاسرار وكتاب: القواعد والمقاصد في المنطق، والطبيعي والإلهي، وكتاب: مراصد التدقيق ومقاصد التحقيق في العلوم الثلاثة (1) وكتاب: المحاكمات بين