إخضاع هذه المرحلة من الدراسة لأي تنظيم منهجي خاص. ولا تتبع الدراسة في هذه المرحلة تنظيما خاصا ولا تكاد تشبه الدراسة بالمعنى المنهجي الذي نفهمه من الدراسة.
وطبيعة هذا البحث لا تتحمل أي تحديد وتنظيم، ولا يمكن حصر النقاش أو تحديد البحث بحد خاص، كما لا يمكن أن يكون الامتحان داعيا إلى البحث والدرس في هذا الدور.
والدور الأول وحده هو الذي يعاني شيئا من النقص ويحتاج إلى شئ من التوجيه والتنظيم.
ولاحظ أن أسباب ذلك يرجع إلى نقص في المادة وضعف في الأسلوب.
أما من حيث المادة فإن المادة التي يتلقاها الطالب النجفي في هذا الدور من الدراسة لا تزال في كثير من الأحوال تقتصر على دراسة النحو والصرف والبلاغة والمنطق والتفسير والفقه والأصول، مع توسع في المادتين الأخيرتين.
وهذه المواد على ما لها من الأهمية في تكوين ذهنية الطالب لا تنهض وحدها بواجبات الطالب الرسالية من توجيه ودعوة وتبشير وتثقيف. ولا يستطيع الطالب أن يقتصر على هذه المادة التي يتلقاها في هذا الدور لو أراد القيام بدوره من التوجيه والدعوة على أوسع نطاق.
ومن حيث الأسلوب لاحظ الشيخ المظفر أن الكتب الدراسية التي يتعاطاها الطالب النجفي في هذا الدور لا يزال يطغى عليها طابع الغموض والتعقيد، مما يحوج الطالب إلى أن يصرف جهدا كثيرا في فهم العبارة وما يظهر عليها من غموض وتعقيد.
ذلك بالإضافة إلى سوء التنظيم في تنسيق الأبحاث.
ذلك فيما يخص تنظيم الدراسة. أما ما يخص الدعوة والتوجيه:
فقد وجد الشيخ المظفر أن أداة الدعوة المفضلة هي الخطابة والكتابة.
والدعوة الإسلامية تعاني ضعفا في هذين الجانبين.