منهج التحقيق اعتمدت في عملي على نسخة الأصل، التي هي بخط المصنف قدس سره، والتي أرشدني إليها سماحة العلامة المتتبع السيد عبد العزيز الطباطبائي دام مجده مشكورا، بعد أن كدت أتيه في بحر اختلافات أربع نسخ - محفوظة في خزانة المكتبة الرضوية العامرة - لما في الرسالة من بحوث في الهيئة، وغيرها، مما تحتاج إلى مقدمات لا تعزب عن القارئ المطلع، ولما فيها من أخطاء.
والنسخة المعتمدة محفوظة في خزانة المكتبة المركزية لجامعة طهران العامرة رقم " 1 "، فاعتمدتها أصلا للعمل، كما هو المتبع مع نسخة المصنف لدى العثور عليها عادة.
والنسخة هي بطول 31 سنتمتر، وعرض 5 / 20 سنتمتر، وتحوي كل صفحة 21 سطرا، و 15 كلمة في كل سطر تقريبا. ومجموعها 33 ورقة.
وخطها نسخ وتاريخها سنة 1003.
وهي السنة التي تشرف فيها لزيارة العتبات المقدسة في العراق وكان في هذا التأريخ في مدينة الكاظمية المقدسة لزيارة مرقد الإمامين الكاظمين عليها السلام.
وكان عمل فيها كالآتي:
1 - توزيع النص وضبطه بصورة صحيحة كما يراه القارئ العزيز.
2 - ترجمة الأعلام الواردة في الرسالة.
3 - شرح ما لعله بحاجة إلى شرح.
4 - إثبات جميع ما على النسخة من هوامش في محلها.
5 - إرجاع الأقوال إلى المصادر المنقولة عنها.
6 - إرجاع الأحاديث إلى المصادر الحديثية الأم.
7 - الإشارة إلى موارد الآيات الكريمة.
8 - عمل الفهارس الفنية اللازمة للرسالة.