وفاته كما اختلف المؤرخون في ولادته ومحلها، فقد اختلفوا في سنة وفاته، ويومها دون محلها.
إذ من الثابت أنها كانت في أصفهان، في الثاني عشر أو الثامن عشر من شهر شوال.
أما السنة فهناك أقوال خمسة هي:
1 - أنها كانت سنة 1029، ومستنده التاريخ الذي صنعه الشيخ صالح البحراني، المعاصر للسيد الجزائري وهو:
- بدر العراقين خبا ضوؤه * ونير الشام وبدر الحجاز - أردت تاريخا فلم أهتد * له فألهمت قل: (الشيخ فاز) (1) ويدفعه وجود نسخة من الاثني عشريات الخمس بخط تلميذه محمد هاشم الأتكاني فرغ منها في شوال 1029، وعليها إجازة للشيخ البهائي في العشر الأوسط من أول ربيعي 1030، وفي آخر الصلاتية بلاغ مؤرخ في العشر الأول من شهر رجب من عام 1030 (2).
2 - كونها سنة 1030، وهو المنقول عن جمع، منهم تلميذه ومصاحبه السيد حسين بن السيد حيدر بن قمر الحسيني الكركي حيث يقول على ما حكي عنه:
" وتوفي قدس الله روحه - الشيخ البهائي - في أصفهان في شهر شوال سنة ألف وثلاثين وقت رجوعنا من زيارة بيت الله الحرام " (3).
وقد تساءل المحقق الحجة السيد المهدي من آل الخرسان في مقدمته عن هذه الزيارة وماهيتها قائلا: