عرج إلى خلخال في حدود 1300 ه‍، لزيارة والده، وأقام بها مدة خمس سنوات.
وفي حوالي سنة 1305 كاتبه عمه العلامة السيد الأمير جعفر من " أرمية " يطلب قدومه إليه، فلبى طلبه بإذن والده، وإذ اطمأنت به الدار لدى عمه، لقي من الأهلين ما يستحقه من الحفاوة والتبجيل، وكان يؤم الناس في مسجدها ليلا، وفي جامع البلد الكبير نهارا.
وفي سنة 1336 ه‍ استولى الأرمن الأشوريون على تلك الديار، فعاثوا بها فسادا، وأهلكوا الحرث والنسل، وتركوا كثيرا من نواحيها يبابا.
كأن لم يكن بين الحجون إلى الصفا * أنيس ولم يسمر بمكة سامر وكان من ضحايا تلك الوقائع، سيدنا المترجم، ففي التاسع عشر من شهر رمضان، تسوروا عليه الدار، وهو في تعقيب صلاة الظهر فضربوه بعصاه ضربا عنيفا، فأوجس منهم الشر، واستمهلهم لصلاة العصر، فشرع فيها، فذبحوه في حال السجود.
وبادر إلى جوار ربه من أقرب المواقف إليه " وهو في حال السجود "، ومثلوا به، وقطعوا أعضاءه، وارتكبوا فضائع لا طاقة لنا بذكرها.
وأغاروا على داره، وتفرقت عائلته، وفي يوم العشرين من الشهر جاء لفيف من جيرانه مع عائلته، وجمعوا أشلاءه المقطعة الزكية ودفنوها في داره، ولم يتسن لهم إخراجها إلى الجبانة " المقبرة " لدفنه، خوفا من الأرمن.
ثم بعد سنتين حملها ولده السيد عبد الله إلى قم المشرفة، ودفنها في جبانة " شيخان " قدس الله روحيهما، وجزاه عن الاسلام وأهله خيرا.
فسلام عليه يوم ولد، ويوم جاهد واستشهد، ويوم يبعث حيا.
ولم يطل أمر الأرمن حتى قلب عليهم الدهر ظهر المجن، بعيد ذلك، فأخذوا وقتلوا تقتيلا، وأضحت ديارهم بلاقع، فلعنة الله وملائكته عليهم أجمعين.