الالياسية مائة مسألة في فنون مختلفة، ومختصر أخبار مختار بن أبي عبيدة الثقفي، والمسائل الحائرية نحو ثلاثمائة مسألة، وله هداية المسترشد وبصيرة المتعبد، وله كتاب اختيار الرجال، وكتاب المجالس والأخبار، وله كتاب مقتل الحسين عليه السلام، وله كتاب في الأصول، خرج الكلام في التوحيد وبعض الكلام في العدل (1).
وله كتاب شرح المقدمة، وتلخيص الشافي في الإمامة، ومسألة في الأحوال، ذكر هذه الثلاثة في المجالس. ومما لم يذكر في الفهرست كتاب الشرح في الأصول كتاب مبسوط ومات ولم يتمه ولم يصنف مثله.
قال بعض الأجلة من أهل العلم: وأما الشيخ الطوسي، فهو شيخ الطائفة ورئيس المذهب وامام في الفقه والحديث، الا أنه كثير الاختلاف في الأقوال، وقد وقع له خبط عظيم في كتابي الاخبار في تمحله الاحتمالات البعيدة والتوجيهات الغير السديدة.
وكانت له خيالات مختلفة في الأصول، ففي المبسوط والخلاف مجتهد صرف وأصولي بحت، بل ربما يسلك مسلك العمل بالقياس والاستحسان في كثير من مسائلها، كما لا يخفى على من أرخى عنان النظر في مجالهما. وفي كتاب النهاية سلك مسلك الاخباري، بحيث أنه لم يتجاوز فيها مضامين الاخبار، ولم يتعد مناطيق الآثار، وهذه هي الطريقة المحمودة والغاية المقصودة.
وقد اعتذر بعض علمائنا أنه انما سلك في الكتابين المذكورين مسلك العامة تقية واصطلاحا ومماشاة لهم حيث شنعوا على فضلاء الشيعة بأنهم ليسوا من أهل الاجتهاد والاستنباط، وليس لهم قدرة على التفريع والاستنباط، وليس لهم قدرة على التفريع والاستدلال.
وأين هذا الاعتذار من اعتذار الفاضل محمد بن إدريس الحلي، بأن الشيخ في النهاية لم يسلك مسلك الفتوى، وانما سلك مسلك الرواية، وكتابه كتاب رواية